Я не буду вдаваться в технические подробности, но спустя всё это время я в procmon обратил взор на то, что что-то многовато антивирус обращается к жёсткому диску...
В общем, решил проблему.
Антивирус ESET Smart Security, настройки - HIPS - Расширенные параметры - снять галочку "регистрировать все заблокированные операции".
Теоретически, чтобы было ещё легче, можно было бы отключить ещё одну фичу, но она не особо мешает.
Теперь так... хорошо... боже, как всё стало быстро работать!